近年来，连海院高度注重知识产权管理工作，专利申请数量和质量不断提升，一批优秀专利成果得到推广应用。仅2016年，该院就申请专利35件，获得授权22件，其中21件为发明专利，全年专利授权数量创下历史新高。
打造企业的核心竞争力离不开技术创新。多年来，连海院始终把技术创新工作摆在重要议事日程，不断加大科技投入，2016年投入2800万元用于资助院科研基金项目研发、科技创新平台建设、研发手段提高与软硬环境改善等。同时，该院十分注重专利申请质量的提高与专利布局保护，持续加强知识产权管理体系建设，顺利获批“国家知识产权优势企业”、“江苏省企业知识产权战略推进计划重点项目”，通过知识产权管理国标体系认证现场监督审核。加强知识产权培训工作，多次邀请专家来院讲座，并派人参加国家、省知识产权局举办的企业知识产权总裁（总监）、知识产权工程师培训等。
为提升科技人员技术创新能力，连海院与江苏省专利信息服务中心签订合作协议，就企业特色数据库、知识产权信息化管理、企业关键技术专利导航、探索知识产权资产运营新模式等方面开展合作。今年1月，该院专利数据库、知识产权信息化管理平台已正式上线运行，为科技人员开展专利申请和检索分析提供了便利。
一批优秀专利技术得到推广应用，科技成果转化步伐加快。“一种适用于含氮化工废水总氮的处理方法”以该院自主研发的HDCM脱氮微生物菌剂为载体，采用两级A/O工艺处理焦化废水等高浓度难降解工业废水，可有效提高总氮的脱除效率，降低处理成本。该专利技术国内领先，为连海院承担青海盐湖综合废水处理项目提供了关键技术支撑。此外，该院积极利用其技术秘密成果、江苏省高新技术产品——“选矿药剂、环保微生物菌剂”，大力开拓市场，实现生产、销售并为EPC工程提供支撑服务，取得良好的经济社会效益。
连海院自主研发的2项环保专利技术“耦合高效微生物菌剂的高氨氮废水处理技术”、“含酚、含有机酸类工业废水综合治理及资源化利用技术”，2016年分别被中国石化联合会推荐为“石油和化工行业环境保护与清洁生产重点支撑技术（设备）”、江苏省科技厅列为“江苏省水污染防治技术指导目录”。“有机酸类工业废水综合治理与资源化利用技术开发研究与应用”成果获2016年连云港市科技进步一等奖，该成果已经在多个项目生产经营中得到推广应用，为下一步市场开拓打下良好基础。